Recherche

Plateforme Génomique

1. Présentation de la plateforme
La plateforme de séquençage – génotypage (NGS) et analyse moléculaire a pour but de mettre à la disposition de la communauté scientifique régionale, nationale et internationale ainsi qu’au secteur socioéconomique les outils nécessaires pour mener à bien des projets de séquençage et/ou de génotypage à petit, moyen, et haut débit, dans les domaines de la santé, de l’agriculture et de l’environnement. Elle propose une offre globale de services d’analyse du transcriptome et du génome.
2. Sections de la plateforme
2.1. Génétique moléculaire
Cette section regroupe des moyens nécessaires à l’extraction d’ADN et d’ARN et l’analyse génétique en utilisant les méthodes de PCR, PCR quantitative, PCR digitale, Analyse de fragments & Séquençage Sanger et FISH.
Les principales analyses proposées sont :
  •  Détection des mutations ponctuelles;
  •  Etude de polymorphisme génétique;
  •  Détection des pathogènes;
  •  Identification de l’expression et l’amplification (CNV) de gènes ciblés;
  •  Détection de l’expression de miRNAs et petits ARNs;
  •  Détection des anomalies chromosomiques.
2.2. Génomique
Le système du séquençage à haut débit, basé sur les technologies de Next Generation Sequencing (NGS), permet le séquençage de génomes, d’exomes, de transcriptomes, de panels de gènes ciblés et l’analyse de profil de l’expression génique.
Les principales analyses génomiques proposées sont :
  •  Séquençage de génomes, exomes et de régions d’intérêt (panel de gènes);
  •  Analyses transcriptomiques et épigénétiques;
  •  Métagénomique et génotypage 16S;
  •  Identification et quantification des petits ARNs;
  •  Séquençage de novo.
2.3. Bio-informatique
Les technologies NGS ont considérablement accéléré la recherche biologique et biomédicale en permettant une analyse complète des génomes et des transcriptomes. La gestion de l'énorme quantité de données provenant des nouvelles plateformes de séquençage requiert des compétences non négligeables, une puissance de calcul et une capacité de stockage élevée (HPC).
Pour cette raison, notre plateforme dispose d’un HPC (High Performance Computer) dont les caractéristiques lui permettent un traitement de données à haut débit (Base calling, Alignment, Remove duplicates, Variant detection).