تم تنصيب مجلس الإدارة وفقا للمرسوم رقم 142 المؤرخ في 4 أفريل2012 وهو ينظر في جميع المسائل المتعلقة بسير عمل المؤسسة لا سيما:

·برامج البحوث التي يتم إرسالها بعد التشاور مع المجلس العلمي

·التسيير المالي للسنة المالية الماضية

·تقديرات الإيرادات والنفقات

·عمليات الاستثمار

·مخطط إدارة الموارد البشرية

·تقرير النشاط السنوي

·مشروع القانون الداخلي للمركز.

يتكون المجلس من 12 الى 18 عضوا معينون من طرف الوصاية لفترة مدتها 4 سنوات. يجتمع المجلس في جلسات عادية مرتين في السنة ويمكنه ان يعقد جلسات غير عادية للضرورة.