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Plateforme Protéomique

1. Présentation de la plateforme
La plateforme Protéomique, la seule dans son genre en Afrique, a pour mission principale la description qualitative (identification des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles) et quantitative des protéomes. Elle offre des activités de formation, de recherche et de service en s’appuyant sur un personnel hautement qualifié et une infrastructure de pointe.
2. Sections de la plateforme
2.1. Extraction et dosage de protéines
Cette section a pour mission principale la préparation des échantillons issus de différents organismes, tissues ou organes, l’extraction de protéines et de peptides ainsi que le dosage de différentes protéines et enzymes.
Les échantillons sont souvent complexes et leur préparation nécessite une étape de préfractionnement afin d’identifier et de permettre une séparation efficace du plus grand nombre de protéines. Cette étape est déterminante quant aux résultats de l’analyse de protéines par électrophorèse et par spectrométrie de masse.
2.2. Analyse de protéines par électrophorèse
Cette section a pour mission la séparation des protéines et des enzymes par électrophorèse. Plusieurs approches par électrophorèse sont utilisées, l'électrophorèse discontinue en présence de SDS (1D–SDS-PAGE), (1D-PAGE) ou l'électrophorèse bidimensionnelle en gel de polyacrylamide (2D-PAGE) qui permet de séparer, en deux temps, les protéines d'un mélange complexe, par exemple un extrait cellulaire ou tissulaire, en fonction de deux propriétés distinctes de ces molécules : leur charge et leur masse moléculaire.
L’analyse des images de gels 2D permet de réaliser une quantification relative des protéines dans différents groupes biologiques, Elle offre l’avantage de séparer et quantifier les protéines natives entières.
2.3. Purification des protéines
Cette section a pour mission la purification des biomolécules (Biopolymère, protéines natives et recombinantes, peptides…) par FPLC (Fast Protein Liquid Chromatography) qui a plusieurs applications notamment :
  •  Le profilage de lipoprotéines et de protéines dans les liquides organiques tels que le plasma, urine, et les liquides céphalo-rachidiens qui contiennent un grand choix de protéines et de peptides;
  •  Le profilage de protéines dans la purification des venins d’animaux ainsi que dans le diagnostic de la bêta thalassémie;
  •  La purification de la déaminase de porphobilinogène, des globules rouges humaines, des anticorps et des vaccins.
2.4. Analyse des protéines
Cette section a pour mission la caractérisation des protéines par LC-MS/MS. Elle permet l'identification, la quantification et la recherche des modifications post traductionnelles de protéines en mélange complexes. Cette approche s’applique à tous les types d’échantillons protéiques complexes ou purifiés. Elle peut être utilisée également pour le contrôle de qualité de peptides ou de protéines recombinantes (Validation de la masse, détection de contaminants, validation de la séquence par analyse LC-MS/MS à haute résolution…). Les protéines analysées par spectrométrie de masse sont digérées le plus souvent en peptides.
Le spectromètre de masse Orbitrap installé au niveau de la Plateforme Protéomique offre les plus hauts niveaux d'exactitude et de précision et peut servir dans les domaines suivants :
  •  La santé où il est utilisé dans la recherche et la quantification de biomarqueurs (spécifiques aux pathologies complexes comme les cancers) ou la caractérisation des protéines dans les liquides biologiques et les échantillons complexes (sang, urine…);
  •  Le Pharmaceutique : utilisé pour la caractérisation des protéines thérapeutiques (vaccin, anticorps…);
  •  La Sécurité de l'environnement et des aliments : utilisé pour le dépistage des contaminants (polluants) de l'environnement, ciblé et inconnu et les contaminants alimentaires.
2.5. Traitement de données
Cette section comprend une infrastructure informatique qui lui permet de gérer des données de très grande taille et d’accompagner les utilisateurs dans l'exploitation de leurs résultats jusqu'à leur analyse bio-informatique et statistique.
Elle a pour mission l’analyse de données bio-informatiques et protéomiques comprenant les résultats des différentes applications de la plateforme comme la caractérisation des protéines par spectrométrie de masse, la purification des protéines par FPLC, le dosage et l’électrophorèse des protéines totales et des enzymes.