La génomique est une science récente et en pleine expansion. On dispose actuellement de la séquence intégrale de plusieurs centaines de génomes. Par ailleurs, il existe de vastes espaces informationnels sur le réseau mondial qui contiennent à la fois d'immenses banques de données factuelles (GenBank, SwissProt, etc.) et des millions de publications biomédicales (PubMed, MEDLINE, NIH, etc.). En Biotechnologie et en Médecine, on retrouve la même complexite des données factuelles et textuelles. La mission difficile consiste à décrypter, en lien avec les biologistes, ces données massives (Live Big Data) pour identifier les structures et les fonctions, du fait que les banques sont de très grandes tailles, hétérogènes, et dispersées. De plus, les interactions entre objets biologiques sont mises en valeur plutôt dans les données textuelles (articles scientifiques écrits en langue naturelle avec un vocabulaire spécialisé). Cette expansion est en train de bouleverser complètement la manière de faire de la biologie, mais aussi l'impact et les débouchés applicatifs en thérapie, en pharmaceutique, en agriculture, et plus généralement dans les secteurs industriels des biotechnologies. Ils impliquent aussi la mise en place de puissants outils informatiques, qui doivent rester conviviaux, afin de traiter cet énorme flux mais aussi de maîtriser la complexité des informations.

Dans ce contexte, nous aborderons les travaux menés qui visent à la mise en œuvre et à l'exploitation des potentialités offertes par la Réalité Virtuelle et Augmentée (RV&A) pour permettre une exploration conviviale et efficace de ces données. En effet, nous pensons qu'une approche intégrée est nécessaire, mettant en relation les outils de visualisation interactive et d'extraction de connaissances à partir de textes.

Le but recherché est de permettre à un biologiste ou un groupe de biologistes de pouvoir interroger et explorer ces données factuelles (les représentations graphiques des séquences génomiques et leurs annotations) et des données textuelles (terminologies et connaissances extraites de résumés de publications scientifiques). Les outils d'interaction 3d conçus et développés au bénéfice de la RV&A sont précieux pour la mise en place rapide d'expérimentations avec des utilisateurs, de sorte à affiner et à évaluer les choix techniques.

Dr Rachid Gherbi
Université Paris Sud Saclay, France, Département d’informatique
Chercheur invité au CERIST

Profile : https://www.researchgate.net/profile/Rachid_Gherbi

 

Lieu et heure : Salle des Conférences du CRBt, le mercredi 18/01/2017 à 10:00.

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